Konstruksi dan Validasi Protokol Skrining Virtual Berbasis Struktur dengan Kode PDB 3MQE, 3NTG, dan 3LN0 untuk Penemuan Inhibitor Siklooksigenase-2 (COX-2)

Penulis

  • ESTI MUMPUNI UNIVERSITAS PANCASILA ,
  • ARGUN WIDARSA UNIVERSITAS PANCASILA ,
  • YANTI SUSILAWATI UNIVERSITAS PANCASILA ,
  • OISAN OISAN UNIVERSITAS PANCASILA ,
  • ARIEF NURROCHMAD UNIVERSITAS GADJAH MADA ,
  • HARNO DWI PRANOWO UNIVERSITAS GADJAH MADA ,
  • UMAR ANGGARA JENIE UNIVERSITAS GADJAH MADA ,
  • ENADE PERDANA ISTYASTONO UNIVERSITAS SANATA DHARMA ,

Kata Kunci:

protokol, skrining virtual, inhibitor, COX-2

Abstrak

Seiring dengan tingginya penggunaan obat inhibitor COX-2 di pasaran serta efek samping yang ditimbulkan oleh obat-obat yang beredar saat ini maka penemuan obat inhibitor COX-2 baru dibutuhkan untuk mencari obat yang selektif terhadap COX-2 dan memberikan efek samping yang minimal. Salah satu metode yang efektif dan efisien untuk penemuan obat baru yaitu in silico. Telah dilakukan penelitian konstruksi dan validasi protokol skrining virtual berbasis struktur dengan kode protein PDB 3NTG, 3MQE dan 3LN0 menggunakan perangkat lunak PLANTS, SPORES, BKChem dan Open Babel untuk penemuan inhibitor COX-2 baru. Dalam penelitian ini digunakan dataset ligan-ligan aktif COX-2 dan pengecohnya (decoy) dari The directory of useful decoys (DUD) untuk validasi retrospektif protokol, yang terdiri dari 426 inhibitor COX-2 dan 13289 decoy. Berdasarkan kriteria nilai EF20% dan EFmax dalam artikel Huang et al (2006) dan Yuniarti et al (2011) dihasilkan dua protokol menunjukkan hasil yang sangat baik dan baik yaitu protokol tervalidasi AYO_COX2_v.1.1 dan AYO_COX2_v.1.2

Referensi

Unduhan

Diterbitkan

2014-04-30

Terbitan

Vol 12 No 1 (2014): JIFI

Bagian

Articles

Lisensi

Licencing
All articles in Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia are an open-access article, distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License which permits unrestricted non-commercial used, distribution and reproduction in any medium.

This licence applies to Author(s) and Public Reader means that the users mays :

  • SHARE:
    copy and redistribute the article in any medium or format
  • ADAPT:
    remix, transform, and build upon the article (eg.: to produce a new research work and, possibly, a new publication)
  • ALIKE:
    If you remix, transform, or build upon the article, you must distribute your contributions under the same license as the original.
  • NO ADDITIONAL RESTRICTIONS:
    You may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits.

It does however mean that when you use it you must:

  • ATTRIBUTION: You must give appropriate credit to both the Author(s) and the journal, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.

You may not:

  • NONCOMMERCIAL: You may not use the article for commercial purposes.

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.