Pemodelan Molekular Enzim 3β-Hydroxysteroid Dehydrogenase Tipe 2: Pemodelan Kombinasi Homologi, Docking dan Pendekatan QSAR

Penulis

  • BAMBANG SULISTYO ARI SUDARMANTO UNIVERSITAS GADJAH MADA ,
  • AGUSTINUS YUSWANTO UNIVERSITAS GADJAH MADA ,
  • RATNA ASMAH SUSIDARTI UNIVERSITAS GADJAH MADA ,
  • SRI NOEGROHATI UNIVERSITAS GADJAH MADA ,

Kata Kunci:

enzim 3β-HSD2, pemodelan homologi, penambatan molekuler, QSAR

Abstrak

Model homologi dari enzim 3β-HSD2 telah dikonstruksi menggunakan server Phyre2 dan dilanjutkan dengan ModRefi ner. Piranti lunak daring PROCHECK, QMEAN dan ProSA-web digunakan untuk mengevaluasi kualitas model stereokimia. Plot Ramachandran yang dihasilkan dari PROCHECK menunjukkan bahwa 84,5% residu berada di most favored region, 13,7% di additional allowed region, 1,5% di generously allowed region dan 0,3% di dissallowed region. Nilai QMEAN (Z-score) adalah 0,509 (-3,006) dan Z-score dari ProSA-web adalah -7,10. Nilai negatif pada energi folding protein juga ditemukan di hampir seluruh sekuens. Selanjutnya, penambatan molekuler juga diterapkan untuk memvalidasi model menggunakan program MOE. Interaksi ikatan hidrogen dengan Tyr154, Ser124 dan Ser218 ditemukan disemua substrat yang ditambatkan, seperti halnya di senyawa-senyawa inhibitor yang telah dikenal (trilostane dan epostane). Dataset inhibitor azasteroid juga ditambatkan ke situs aktif substrat pada enzim 3β-HSD2. Struktur yang tertambatkan digunakan untuk membangun persamaan QSAR berbasis penambatan molekuler dengan menerapkan analisis statistik genetic algorithm (GA). Persamaan QSAR terbaik yang terkonstruksi memiliki daya prediksi yang kuat sesuai dengan parameter statistiknya, sehingga dapat diaplikasikan untuk menggantikan fungsi scoring default yang disediakan oleh program MOE. Hasil ini menunjukkan bahwa model enzim 3β-HSD2 manusia berhasil dievaluasi sebagai model yang baik.

Referensi

Unduhan

Diterbitkan

2017-04-30

Terbitan

Vol 15 No 1 (2017): JIFI

Bagian

Articles

Lisensi

Licencing
All articles in Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia are an open-access article, distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License which permits unrestricted non-commercial used, distribution and reproduction in any medium.

This licence applies to Author(s) and Public Reader means that the users mays :

  • SHARE:
    copy and redistribute the article in any medium or format
  • ADAPT:
    remix, transform, and build upon the article (eg.: to produce a new research work and, possibly, a new publication)
  • ALIKE:
    If you remix, transform, or build upon the article, you must distribute your contributions under the same license as the original.
  • NO ADDITIONAL RESTRICTIONS:
    You may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits.

It does however mean that when you use it you must:

  • ATTRIBUTION: You must give appropriate credit to both the Author(s) and the journal, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.

You may not:

  • NONCOMMERCIAL: You may not use the article for commercial purposes.

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.