Sidik Jari Interaksi Protein-Ligan Ansambel pada Konstruksi dan Validasi Protokol Penapisan Virtual Bertargetkan Reseptor Kemokine C-X-C Tipe 4

Penulis

  • ENADE PERDANA ISTYASTONO UNIVERSITAS SANATA DHARMA ,
  • MUHAMMAD RADIFAR Laboratorium Kimia Komputasi ,

Kata Kunci:

virtual berbasis struktur (PVBS), hubungan kuantitatif struktur-aktivitas (HKSA) biner, sidik jari interaksi protein-ligan (SIPL) ansambel, reseptor kemokine c-x-c tipe 4 (CXCR4)

Abstrak

Protokol Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) bertargetkan reseptor kemokine C-X-C tipe 4 (CXCR4) telah dikonstruksi dengan menggunakan PLANTS 1.2 untuk penambatan molekuler dan PyPLIF 0.1.1 untuk identifi kasi Sidik jari Interaksi Protein-Ligan (SIPL). Penggunaan skor ChemPLP bawaan PLANTS 1.2 dan nilai Tc-PLIF bawaan dari PyPLIF 0.1.1 untuk memilih pose terbaik dalam PVBS retrospektif memberikan nilai Faktor Pengayaan (FP) di bawah nilai FP referensi (17,5). Meskipun demikian, dalam PVBS retrospektif juga dihasilkan SIPL untuk masing-masing pose hasil penambatan molekuler. Dalam penelitian yang dipaparkan dalam artikel ini, diujicobakan analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) biner dengan prediktor baru yaitu SIPL ansambel hasil PVBS untuk menggantikan SIPL dari pose terbaik menurut skor ChemPLP maupun menurut nilai Tc-PLIF. SIPL ansambel dihitung dengan memperhitungkan seluruh pose yang memiliki skor ChemPLP di bawah skor ChemPLP tertentu dan untuk masing-masing bitstring SIPL dihitung persentase interaksi “onâ€. Penentuan skor ChemPLP tertentu ini dilakukan secara sistematis untuk mendapatkan skor ChemPLP yang memberikan nilai F-score dan Matthews correlation coeffi cient (MCC) paling tinggi. Hasil penelitian menunjukkan nilai F-score dan MCC dari analisis HKSA biner dengan SIPL ansambel hasil PVBS sebagai prediktor mampu mencapai nilai 0,58 dan 0,61 dengan nilai FP mencapai 323,57, jauh lebih baik dari nilai FP protokol referensi.

Referensi

Unduhan

Diterbitkan

2017-04-30

Terbitan

Vol 15 No 1 (2017): JIFI

Bagian

Articles

Lisensi

Licencing
All articles in Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia are an open-access article, distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License which permits unrestricted non-commercial used, distribution and reproduction in any medium.

This licence applies to Author(s) and Public Reader means that the users mays :

  • SHARE:
    copy and redistribute the article in any medium or format
  • ADAPT:
    remix, transform, and build upon the article (eg.: to produce a new research work and, possibly, a new publication)
  • ALIKE:
    If you remix, transform, or build upon the article, you must distribute your contributions under the same license as the original.
  • NO ADDITIONAL RESTRICTIONS:
    You may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits.

It does however mean that when you use it you must:

  • ATTRIBUTION: You must give appropriate credit to both the Author(s) and the journal, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.

You may not:

  • NONCOMMERCIAL: You may not use the article for commercial purposes.

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.